Государственный заповедник «Ягорлык» был создан 15 февраля 1988 г , образован в нижнем течении реки Ягорлык, затопленном в результате строительства Дубоссарской ГЭС в 1955 г.. В результате затопления, образовался живописный Гоянский залив. Основан 15 февраля 1988 на базе Республиканского ихтиологического заказника «Гоянский залив». Заказник создан для сохранения уникальных, эндемичных сообществ и видов растений, охраны ихтиофауны. Принят в состав Евразийского союза заповедников. В Гоянском заливе выявлено 180 видов зоопланктона, 29 видов редких рыб. выявлено 714 видов растений, из них 49 видов редких и исчезающих, 23 вида млекопитающих, из них 1 вид (горностай) исчезающий, 86 видов птиц, из них 3 вида редких, Из степной растительности здесь произрастает целый ряд растений, являющихся Молдавско-Крымско-Кавказскими эндемиками (лен линейно-листный, молочай хрящевой и др.). Только на этом участке произрастают тонконог молдавский, дрок четырёхгранный и др. растения, взятые под государственную охрану.
Площадь — 377 га сухого участка и 270 га водной поверхности.
Всего на территории заповедника выявлено 1017 видов растений, относящихся к 92 семействам и 411 родам.
На данный момент на территории заповедника «Ягорлык» выявлено 101 вид редких растений подлежащих государственной охране, из них 16 видов краснокнижных растений (согласно Красной книге Украины и Красной книге Молдовы ): это дрок четырехгранный, наголоватка лавандолистная, тонконог молдавский (эндемик левобережья Днестра), прострел крупный, несколько видов астрагалов и ковылей , дороникум венгерский, рябчик и др.
Проведены исследования урочищ «Цыбулевка», «Литвино», «Балта», «Сухой Ягорлык», сделано более 60 описаний травянистых сообществ на территории заповедника. Подготовлены геоботаническне карты урочищ «Цыбулевка», «Литвино», «Балта». На территории заповедника «Ягорлык» имеются следующие травянистые сообщества: типичные степные сообщества, петрофитно-степные, тимьяниковые степи, тимьяники, луговые сообщества. Исследуются водно-болотные экосистемы заповедника. Изучается состояние лесных массивов заповедника для дальнейшей их трансформации из моно доминантных искусственных посадок деревьев-интродуцентов в естественно-природные дубово-скумпиевые гырнецы, характерные для данной местности.
Современные травянистые сообщества заповедника зональные степные и азональные луговые были сформированы при прямом интенсивном воздействии диких копытных на травяной покров, а в период развития животноводства – сенокошения и выпаса скота.
В степных заповедниках при введении режима охраны и изъятия территории из хозяйственного использования (выпас, сенокошение) травяной покров претерпевает существенные изменения, поскольку при этом происходит процесс зарастания кустарниками и олуговение растительности. В процессе активного разрастания древесно-кустарниковых пород, которое наблюдается на территории заповедника «Ягорлык», происходит вытеснение травянистых сообществ, которые содержат наиболее редкие и интересные в научном отношении виды. Именно травянистые сообщества открытых склонов, содержащие в своем составе редкие кальцефильные виды растений и составляющие наибольшую ценность, должны охраняться в данном заповеднике. Зарастанию подвержены не только наиболее пологие с развитыми почвами участки склонов, но и крутые склоны с россыпями камней и выходами скальных обломков, также засаженные сосной крымской и ксерофильными кустарниками.
Ввиду того, что склоны заповедника с середины 60-х годов прошлого века были значительно облесены, на большей части территории, включенной в состав заповедника, естественный травяной покров сохранился только на открытых частях склонов и занимает очень небольшую площадь. Степная растительность встречается в заповеднике только небольшими фрагментами, расположенными между лесопосадками. На приграничных территориях травянистые сообщества сохранились на более крупных открытых участках, поэтому емкость территории заповедника (состав флоры и растительных сообществ) может значительно увеличиться за счет подключения новых территорий.
Из редких для Приднестровья видов птиц в 2000-2005 годах на территории заповедника «Ягорлык» наблюдались: чернозобая гагара, черный аист, скопа, осоед, орлан-белохвост, луговой лунь, серая неясыть, клест-еловик, серый сорокопут, коростель, длиннохвостая синица, клинтух, кедровка, черный стриж, свиристель.
Изредка на территории заповедника в урочище «Литвино» в середине 70-х годов встречалась дрофа, отдаленной задачей отдела науки заповедника является ее возврат в заповедник,
Изучены и описаны описан 51 вид грибов.
В настоящее время на акватории Ягорлыкской заводи по результатам исследований обитают: щука, тарань, плотва, жерех, лещ, белоглазка, красноперка, уклея, линь, карп, карась, толстолобики белый и пестрый, белый амур, судак, окунь, ерш, бычки (в основном песчаник), изредка встречается сом; велика доля непромысловых видов: рыбы-иглы, трехиглой колюшки, горчака. Очень редко, но встречаются осетровые – стерлядь, бестер (ранее производилось зарыбление водохранилища данным гибридом). Ранее сохранившиеся на этом участке водохранилища (именно на акватории Ягорлыкской заводи) популяции рыбца, подуста, голавля, в настоящее время, к сожалению, уловами не регистрируются. Более точные данные о состоянии ихтиофауны заповедника могут быть получены при проведении дальнейших научно-исследовательских ловов рыб на акватории Ягорлыкской заводи и прилегающей к заповеднику акватории Дубоссарского водохранилища.
В период исследований выявлено 6 видов амфибий, 8 видов пресмыкающихся, из них краснокнижные виды: болотная черепаха, желтобрюхий полоз, эскулапов полоз. Выявлено 36 видов млекопитающихся, из них 7 краснокнижные виды: горностай, речная выдра, лесной кот, барсук, европейский суслик, малая кутора, малая вечерница. Выявлено 387 видов насекомых, из них 13 краснокнижные виды.
Необходимо продолжить поиск методов сокращения посадок свидины и айланта.